El VPH genital usualmente no presenta síntomas, a menos que sea un tipo que causa verrugas genitales. Las verrugas genitales pueden presentarse dentro de varias semanas o meses después del contacto con una pareja que tiene el VPH. Resulta menos común que las verrugas genitales se presenten años después de la exposición al virus. Por lo general, las verrugas lucen como una pequeña protuberancia o grupos de protuberancias en el área genital. Pueden ser pequeñas o grandes, planas o prominentes, o en forma de coliflor. Si no son tratadas, las verrugas genitales pudiesen desaparecer, permanecer y no cambiar o aumentar en tamaño o en número. Rara vez estas verrugas se convierten en cáncer.

La mayoría de las personas nunca sabrá que tienen VPH, ya que no presentan síntomas y sus sistemas inmunológicos inactivan el virus. En alrededor del 90% de las personas, el sistema inmunológico del cuerpo elimina la infección con el VPH dentro de 2 años. Esto es cierto tanto para el tipo de alto riesgo, como para el de bajo riesgo del VPH. Algunas veces, las infecciones con el VPH no son eliminadas. Esto puede causar cambios celulares que con el transcurso de muchos años pueden derivar en cáncer.