Para los autotrasplantes, algunos centros limpian o "purgan" las células madre antes de que sean devueltas al paciente. Esto se hace para retirar cualquier célula cancerosa que pudiera estar mezclada con las células madre. No está claro si esto es útil, puesto que aún no se ha probado que reduzca el riesgo de que el cáncer regrese (recurrencia).

Una posible desventaja es que durante el proceso de purgado se pueden perder algunas células madre normales. Esto puede hacer que le tome más tiempo al paciente empezar una producción de células sanguíneas normales y puede dejarlo sin glóbulos blancos o plaquetas por un periodo más extenso. A su vez, esto último podría aumentar el riesgo de infecciones o hemorragias.

Un método que es actualmente muy conocido es proporcionarle al paciente las células madre sin que sean tratadas. Después del trasplante, el paciente recibe un medicamento para eliminar las células cancerosas que pudieran quedar en el cuerpo. Este procedimiento se conoce como purgado. El Rituximab (Rituxan^®), un medicamento de anticuerpo monoclonal puede suministrarse para este fin. Se está llevando a cabo una investigación para determinar la necesidad de remover las células cancerosas de los trasplantes y ver la forma más apropiada de hacerlo.